Nach der Reformation wurde aus dem Kloster ein Damenstift. Die letzte Domina verstarb 95jährig 1972. Noch heute kann man den historischen Kreuzgang besichtigen.
Vor dem Bau der Klosterkirche 1844 bis 1849 gab es nur eine kleine Kirche auf dem Kloster. Die Klosterkirche brannte 1888 ab und wurde von 1888 bis 1890 neu erbaut. Seit 1997 befindet sich die Klosterkirche im Besitz der Stadt Malchow. Die Klosterkirche wird heute viel für Konzerte genutzt. Seit 1997 wurde mit dem Aufbau eines Mecklenburgischen Orgelmuseums begonnen. Schon heute kann man in der Klosterkirche viele Orgeln und Orgelteile besichtigen